A felújítási munkálatokat Heinz Tesar és Christoph Fischer osztrák építészek vezették. 1998-2005 között zajlott a tervezés és a rekonstrukció. A fő kihívást a védett épület megmaradt értékeinek megőrzése jelentette, mely óvatos, az épület lényegét nem sértő, de a jelenkor elvárásaihoz igazodó betoldásokkal készült.
Varga Piroska írása (részlet) - magyarmúzeumok.hu; (a korábbi ismertetésünk itt)
Az építészeti, a kiállítási és a gyűjteményi koncepció egyaránt a régi rendszerre alapoz, annak felújítása, mai elemekkel való kiegészítésére. Ennek a munkának köszönhetően a múzeum lenyűgöző teljes felújításon ment át a legapróbb részletekig, az épület alaprendszerébe illeszkedve. Ez a döntés az épület történetét megismerve teljesen adekvát volt, még akkor is, ha néhol a látogató ma már idegennek és ridegnek érezheti. Az épület visszanyerte impozáns hangulatát, ennek ellenére nem fojtogató, bár a monumentalitása helyenként letaglózó. Az eredeti Bode kiállítás rendszert követi a kiállítás installáció is, kronologikus rend és mai muzeológiára nem jellemző kevés eszközzel.